Con el propósito de afirmar la unidad, fomentar la integración y cooperación entre las diversas entidades evangélicas, promover la evangelización, fomentar el desarrollo y la transformación de la sociedad y ejercer un rol pastoral y docente con relación a la vida nacional, fue fundado el 17 de noviembre de 1940, aunque sus orígenes se remontan al año 1916, cuando se organizó en Lima el Comité de Cooperación Misionera, como resultado del Congreso de Obra Misionera celebrado en Panamá el mismo año. Su inscripción en los Registros Públicos se produjo el 10 de junio de 1970.

Asamblea del CONEP

El Comité de Cooperación Misionera tuvo como primera tarea la de fomentar la cooperación entre las diversas entidades evangélicas que operaban entonces. Como resultado del trabajo de este Comité, años más tarde, fue constituida la Alianza Evangélica del Perú  en el año 1927. Correspondió a esta Alianza el desarrollo de las acciones que condujeron a la formación de un Concilio Nacional Evangélico. Así, en 1940, una Asamblea Constituyente  acordó dar origen al Concilio Nacional Evangélico del Perú, integrado en ese momento por las siguientes entidades:

1. Iglesia Metodista
2. Iglesia Evangélica Peruana
3. Iglesia del Nazareno
4. Iglesia Libre de Escocia (Presbiteriana)
5. Misión Alianza Cristiana y Misionera
6. Misión del Perú Interior
7. Sociedad Bíblica Americana
8. Sociedad Bíblica Británica y Extranjera

Este grupo de entidades fundadoras del CONEP, representaba en ese momento a la mayoría de organizaciones evangélicas en el país, toda vez que según el Acta de la Primera Asamblea General, algunas entidades no estuvieron presentes: Asambleas de Dios, Unión Bautista de Irlanda y la Unión Evangélica de Sud América. Sin embargo, estas tres organizaciones se afiliaron al CONEP en los años posteriores como se puede apreciar en el cuadro siguiente:

RELACIÓN DE AFILIADOS AL CONEP EN LOS AÑOS 1941 – 1966

MIEMBROS AÑO DE AFILIACION
1. Asambleas de Dios, 1941
2. Misión Bautista Irlandesa, 1941
3. Colegio Norteamericano (hoy María Alvarado), 1941
4. Evangelical Union of South America, 1942
5. Ejército de Salvación, 1944
6. South America Mission, 1944
7. Seminario Evangélico de Lima, 1947
8. Iglesia Evangélica de los Peregrinos, 1955
9. Iglesia Alianza Cristiana y Misionera, 1961
10. Misión de los Amigos Evangélicos del Perú, 1962
11. Misión Alianza Evangélica, 1964
12. Cruzada de Literatura a Cada Hogar, 1965
13. Juventud para Cristo, 1965
14. Iglesia Evangélica Presbiteriana del Perú, 1965
15. Misión Suiza de Cooperación Evangélica en el Perú, 1966

Fuente: Archivos del CONEP